Сектор сельскохозяйственных наук было создано в составе Академии наук РБ в 1992 году. На его базе в 1999 году совместным решением президиумов Российской академии с-х наук и Академии наук РБ был создан Башкирский научный центр РАСХН и АН РБ.

С 1992 года по настоящее время академиком - секретарем и куратором исследований по аграрным наукам является чл.-корр. РАСХН, акад. АН РБ Гусманов У.Г.Ученый секретарь – д.с-х.н., проф. Ахатова И.А.

В работе подразделения принимают участие Башкирский НИИ сельского хозяйства, Центр селекции сельскохозяйственных культур АН РБ, Центр селекции пчел АН РБ, Башкирский государственный аграрный университет, Башкирский государственный педагогический университет, Селекционно-генетический центр по птицеводству РАСХН и АН РБ, Бирская государственная социально-педагигическая академия, Институт биохимии и генетики УНЦ РАН.

По сельскохозяйственным наукам работают 5 научных советов, осуществляющих методическое руководство исследованиями в соответствующих областях сельскохозяйственной науки:

• научный совет по аграрной экономике;
• научный совет по проблемам растениеводства;
• научный совет по проблемам животноводства;
• научный совет по проблемам ветеринарной медицины;
• научный совет по проблемам механизации с-х производства.

Исследования по аграрным проблемам координируются головными институтами по отраслям сельского хозяйства РАСХН и РАН.

Исследования по ветеринарной медицине ведутся при сотрудничестве с фирмами "MINITUB" и ООО "Астра" (Германия), AVJUR JTD (Израиль); по растениеводству – с селекционно-семеноводческим предприятием КВС и институтом Лохов-Петкус (Германия), фирмой Сингента (Швейцария).

В рамках программы научного сотрудничества проводятся курсы обучения в летней школе "Сельское хозяйство в процессе трансформации" (Германия).

Аграрные исследования выполнялись в рамках государственных научно-технических программ, утвержденных:

• Постановлением Совета Министров Республики Башкортостан №298 от 12 июля 1993 г. "Фундаментальные и прикладные исследования по научному обеспечению развития агропромышленного развития агропромышленного комплекса Республики Башкортостан";
• Постановлением Кабинета Министров Республики Башкортостан №204 от 26 июня 1996 г. "Научные основы повышения эффективности агропромышленного производства, социального развития села и сельскохозяйственного природопользования в Республике Башкортостан";
• Постановлением Кабинета Министров Республики Башкортостан № 405 от 31 декабря 1999 г. "Стабилизация и развитие агропромышленного комплекса Республики Башкортостан";
• Постановлением Кабинета Министров Республики Башкортостан № 250 от 2 декабря 2004 г. "Научное обеспечение развития агропромышленного комплекса".
• Постановлением Правительства РБ №290 от 17 октября 2007 г. "Развитие научной и инновационной деятельности в сельском хозяйстве, биологии и медицине".

Регулярно ведутся исследования по программам Российского фонда фундаментальных исследований "Агидель" и "Поволжье".

По сельскохозяйственным наукам представлены следующие научные школы, возглавляемые ведущими учеными в соответствующих областях:

• Совершенствование хозяйственного механизма и земельных отношений (руководитель - Гусманов У.Г., чл.-корр. РАСХН, акад. АН РБ);
• Воспроизводство плодородия почв технологии производства высококачественной продукции растениеводства и селекция с.-х.культур (руководитель - Исмагилов Р.Р., чл.-корр. АН РБ);
• Селекция пород, технологическое обеспечение животноводства и производства сбалансированных пищевых продуктов (руководитель - Ахатова И.А., д.с-х.н., проф.);
• Лечение и профилактика болезней животных в условиях недостаточности микроэлементов (руководитель - Дементьев Е.П., д.в.н., проф.).

• Научный совет по аграрной экономике
• Научный совет по проблемам растениеводства, селекции и кормопроизводства
• Научный совет по проблемам животноводства
• Научный совет по проблемам ветеринарной медицины
• Научный совет по проблемам механизации сельскохозяйственного производства

• ГАНУ Институт аграрных исследований
• Центр селекции пчел АН РБ