Научный совет занимается планированием и координацией научных исследований по аграрной экономике. Исследования научного совета направлены на выполнение Государственных научно-технических программ.

Научный совет проводит обсуждение рабочих программ, хода выполнения и результатов научных исследований, организует научно-практические конференции и семинары по актуальным проблемам аграрной экономики, оказывает содействие аспирантам и соискателям в проведении научных исследований, готовит предложения для государственных и сельскохозяйственных органов по развитию агропродовольственного сектора экономики.

По итогам исследований, проводимых в рамках научно-технических программ, получены следующие наиболее значимые результаты:

• разработана научно-обоснованная система ведения агропромышленного производства в Республике Башкортостан;
  
• установлена возможность удвоения валового внутреннего продукта в аграрной сфере Республики Башкортостан путем оптимизации производства продукции растениеводства и используемых ресурсов;
  
• обоснованы пути развития крестьянских (фермерских) хозяйств и их кооперации с сельскохозяйственными предприятиями;
  
• разработана методика сравнительной экономической оценки эффективности производства продукции растениеводства и на этой основе подготовлены рекомендации по оптимизации структуры посевных площадей зерновых, зернобобовых, крупяных и кормовых культур для типовых хозяйств и районов Республики Башкортостан;
  
• обоснованы меры по созданию экономических условий для повышения эффективности функционирования сельскохозяйственных организаций;
  
• разработана методика оплаты труда работников сельскохозяйственных организаций в условиях рыночной экономики и др.

Важнейшие результаты исследований, проведенных по направлениям научно-технических программ Отделения

•  Разработана научно-обоснованная система ведения агропромышленного производства в Республике Башкортостан на 1995-2000 гг. (д.э.н. Гусманов У.Г., к.э.н. Бахтизин Н.Р., д.с.-х.н. Ахатова И.А., д.э.н. Губайдуллин М.С. и др., АН РБ);
• Установлена возможность удвоения валового внутреннего продукта в аграрной сфере Республики Башкортостан путем оптимизации производства продукции растениеводства и используемых ресурсов (д.э.н. Гусманов У.Г., БНИИСХ);
• Обоснованы пути развития крестьянских (фермерских) хозяйств и их кооперации с сельскохозяйственными предприятиями (к.э.н. Сайранов Р.Н. и др., БГАУ);
• Разработана методика сравнительной экономической оценки эффективности производства продукции растениеводства и на этой основе подготовлены рекомендации по оптимизации структуры посевных площадей зерновых, зернобобовых, крупяных и кормовых культур в Республике Башкортостан (д.э.н. Гусманов У.Г., д.э.н. Гусманов Р.У. и др., БНИИСХ);
• Обоснованы меры по созданию экономических условий для повышения эффективности функционирования сельскохозяйственных организаций (к.э.н. Лукьянов В.Н., БГАУ);
• Подготовлено методическое пособие по оплате труда работников сельскохозяйственных организаций в условиях рыночной экономики (Лукьянов В.Н. и др.);
• Разработаны рекомендации по управлению затратами и результатами в производстве продукции сельского хозяйства;
• Разработана концепция и программа «Агроэкологическая безопасность Республики Башкортостан на 2010-2015 гг. и до 2020 г.»;
• Выявлено, что в ходе реформирования агарных отношений снизилось плодородие почв, сократились объемы сельскохозяйственного производства крупных предприятий. Потери не компенсированы ожидаемым приростом производства на землях, переданных в собственность фермерских и крестьянских хозяйств. Для развития в аграрной сфере различных укладов необходимо:
• содействовать улучшению экономического положения и целостности крупных сельскохозяйственных предприятий в их разных организационных формах (при одновременном соблюдении свободы выхода из них работников с земельными паями);
• способствовать развитию фермерских хозяйств и их кооперации посредством создания материально-технической базы этих хозяйств и производственной (снабженческой, сбытовой, финансовой) инфраструктуры их обслуживания, в том числе на кооперативных основах;
  
• учитывая возможные перспективы развития личного хозяйства, в том числе повышения его товарности, соответственно формировать на кооперативных началах сбытовую и снабженческую инфраструктуру;
• развивать переработку сельскохозяйственной продукции непосредственно на местах с использованием современных технологий и средств, существующих для малых перерабатывающих предприятий;
• в процессе формирования и становления аграрного предпринимательства создавать инфраструктуры и институты (в том числе ипотечные) изменения форм земельной собственности и землепользования, рыночного оборота не только мелких, но и крупных участков земель (купли-продажи, сдачи в аренду, передачи в трастовое управление и т.д.), от которых крупные или мелкие собственники и землепользователи готовы освободиться в силу хозяйственных, предпринимательских неудач и других причин; 
• вместе с развитием рыночного оборота земель создавать систему контроля за соблюдением производственно-хозяйственных целей их использования (к.э.н. И.У. Гусманов, к.э.н. Р.У. Гусманов, БНИИСХ).
  

По итогам исследований для внедрения направлены следующие завершенные разработки:

• в Законодательную палату Госсобрания РБ и Министерство сельского хозяйства РБ «Совершенствование использования земель сельскохозяйственного назначения» (д.э.н. И.У. Гусманов, д.э.н. Р.У. Гусманов, БНИИСХ);
• Президенту РБ, Правительство РБ «Об удвоении валового внутреннего продукта на основе оптимизации сельскохозяйственного производства» (д.э.н. У.Г. Гусманов, д.э.н. Р.У. Гусманов, БНИИСХ);
• Министру сельского хозяйства РФ «Методика комплексной экономической оценки производства продукции растениеводства и на этой основе совершенствование структуры посевных площадей сельскохозяйственных культур (д.э.н. У.Г. Гусманов, д.э.н. Р.У. Гусманов, БНИИСХ);
• Министру сельского хозяйства и Председателю Комитета по аграрным вопросам, экологии и природопользованию Государственного собрания – Курултая – республики Башкортостан «предложения по увеличению производства зерна и совершенствованию его структуры в Республике Башкортостан (д.э.н. У.Г. Гусманов, д.э.н. Р.У. Гусманов);
• Министру сельского хозяйства «Предложение по усилению научного обеспечения агропромышленного комплекса Республики Башкортостан» (д.э.н. У.Г. Гусманов).