Научный совет сформирован из ведущих ученых по отраслям животноводства, ветеринарии и кормопроизводства под руководством член-корр. АН РБ Мозжерина В.И. в 1992 году. С 1995 года по настоящее время советом руководит Ахатова И.А., д.с-х.н., проф. заслуженный деятель науки РБ.

В настоящее время Научный совет включает в себя 12 ученых: 7 докторов, 3 кандидата наук, а также представителя из Министерства МСХ РБ. Состав совета через каждые три года утверждается Президиумом АН РБ (состав последнего совета утвержден 14 декабря 2006 г., протокол №2).

За последнее десятилетие под кураторством Научного совета в научном обеспечении животноводства получены следующие важнейшие результаты:

• впервые в истории животноводства республики создано селекционное достижение – заводская линия Спектра молочного направления продуктивности. В ходе апробации линии башкирская лошадь признана породой, созданной методом породной селекции (авторы Ахатова И.А., Мурсалимов В.С., Сайгин И.А., Лукманов М.А., Мугинов Н.Н.);

• сформирован и включен в Госреестр селекционных достижений РФ заводской тип в башкирской породе лошадей ирандыкский с молочной продуктивностью животных выше стандарта на 56,2% и высокой приспособленностью к технологии молочного коневодства (авторы- Ахатова И.А., Лукманов М.А., Мурсалимов В.С. Мугинов Н.А.);

• 	Кросс уток Благоварский

  создан заводской тип в башкирской породе лошадей учалинский живой массой выше стандарта на 22 %, и хорошей приспособленностью к условиям круглогодового пастбищного содержания (авторы Гайнуллин Ю.А., Мухаметова Н.А. Рахматуллин Д.Н.));

• разработана технология производства кобыльего молока гарантированного качества для детского питания (Ахатова И.А., Зорин А.Г.);
• разработаны Концепция развития скотоводства РБ на 1995-2010 гг. и на ее основе – перспективная программа совершенствования черно-пестрой, бестужевской и симментальской пород крупного рогатого скота республики на 1995-2005 гг. (д.с-х.н. Немцов А.А., БНИИСХ);
• разработаны и внедрены перспективные планы с комплексом инновационных приемов выращивания, кормления и использования коров для 14 племенных хозяйств по разведению крупного рогатого скота (д.с-х.н. Немцов А.А., БНИИСХ);
• проведена ДНК-экспертиза на потенциал белковомолочности 120 производителей плановых пород Башплемпредприятия, среди которых выявлено 70 голов с повышенным на 5 % потенциалом по этому признаку (д.с-х.н. Немцов А.А., БНИИСХ);
• осуществлена комплексная оценка генетического материала республиканского банка семени (2,6 млн. доз), по результатам которой изъяты из банка 46 % запаса с неудовлетворительными племенными качествами (д.с-х.н. Немцов А.А., БНИИСХ);
• разработана новая методика раннего отбора дойных лошадей на основе этологического тестирования, повышающая эффект отбора на 10-15 %. Методика принята для внедрения по регионам страны решением секции коневодства РАСХН (д.с-х.н. Ахатова И.А. и др., БНИИСХ);
• разработана и принята НТС МСХ РБ адаптивная технология мясного скотоводства; создано селекционное ядро для развития отрасли из 1200 герефордских коров австралийской селекции (д.с-х.н. Гизатуллин Р.С., БГАУ);

• выведен кросс уток "Благоварский", с яйценоскостью на среднегодовую несушку 260 шт., выводимостью 80 % и сохранностью молодняка 93,2 % и хорошими вкусовыми качествами мяса (Молдажанов К.А., Ройтер В.С., Саитбаталов Т.Ф. Сиразетдинов Ф.Х., и др.);

• создана порода уток "Башкирские цветные", кроссы БЦ- 12 и БЦ-123, мясо которых характеризуется нежным вкусом, пониженным содержанием жира в тушке. Птица имеет высокие яйценоскость и выводимость (авторы – Хафизова Р.А., Зайнуллин Р.М., Кутушев Р.Р., Молдажанов К.А., Ройтер Я.С., и др.);

  Утки кросса БЦ-12

• сформирован внутрипородный тип башкирской пчелы иглинский с высокими зимостойкостью, продуктивностью и пониженной ройливостью (авторы – Кучейко В.О., Гнездин А.П., Зарипов Р.А. и др.);

• создан сорт вайды красильной Иглинская в качестве раннего медоноса (авторы – Акчурин М.М., Зарипова Г.К.);

• предложены рекомендации по созданию нектароносного конвейера с учетом естественных медоносных ресурсов по природным зонам республики, обеспечивающие удлинение периода медосбора и позволяющие повысить медопродуктивность пчелиных семей на 25-30 % (Жилин В.В.);

• 	Тип иглинский в среднерусской породе медоносной пчелы

  разработаны рецептуры на композиции мед с девясилом, мед с прополисом, цветочной пыльцой, маточным молочком, мед с гомогенатом трутневого расплода, лекарственных препаратов (овули с масляным экстрактом прополиса и дибунолом), ионолгель для использования в хирургии и гинекологии. Получены 3 патента РФ (Бахтияров С.М., Шикова Ю.В.).