Научный совет занимается координацией, планированием и организацией научных исследований, внедрением инновационных разработок в производство в области растениеводства и селекции сельскохозяйственных культур.

Проводит научно-практические конференции и семинары, выставки и пропаганду инновационных разработок, оказывает содействие аспирантам в проведении научных исследований и защите диссертации, готовит предложения по развитию растениеводства в государственные и сельскохозяйственные органы, участвуют в подготовке и принятие решений по включению сортов в Государственный реестр, тендерной комиссии по поставка пестицидов.

Научный совет был создан в 1992 году. Председателем совета в 1992-1999гг. член-корр. Бахтизин Н.Р., с 1999 г по настоящее время председатель совета член-корр. Исмагилов Р.Р.

Научный совет координировал научные исследования в 1993-1995 гг. целевой программы "Разработка эффективных технологий воспроизводства плодородия почв и возделывания сельскохозяйственных культур". Реализация данной программы позволило уточнить изменение баланса гумуса почв республики, доз внесения удобрений в севообороте, эффективность способов обработки почвы, уточнены основные факторы определяющие качество зерна пшеницы, ржи и ячменя. В 1996-1998 гг. работа проводилась по целевой программе "Разработка научной основы ландшафтной системы земледелия, эффективных приемов воспроизводства плодородия почв, совершенствование приемов защиты растений, создание высокопродуктивных сортов сельскохозяйственных культур".

В результате проведенных исследований по данной программе созданы и включены в Государственный реестр селекционных достижений 17 сортов, разработана концепция перехода к адаптивно-ландшафтной системе земледелия. В 2000-2005 гг. исследования проводились по подпрограммам "Экономически сбалансированные агроландшафты и зональные системы земледелия" и "Экологически пластичные сорта сельскохозяйственных культур и технология их возделывания". По данным подпрограммам определены экономически целесообразные агроландшафты, выведены и включены в Государственный реестр 6 сортов полевых, кормовых, плодовых и ягодных культур. В 2006-2008 гг. совет координирует инновационные проекты "Энергосберегающие технологии производства продукции растениеводства" и "Энергосберегающие технологии производства высококачественной продукции растениеводства", "Создание экологически пластичных сортов сельскохозяйственных культур", "Новые высокопродуктивные сорта гречихи и энергосберегающие технологии их возделывания".

Реализация данных проектов позволило внедрить энергосберегающие технологии производства зерна озимой и яровой пшеницы для продовольственных целей, фабричной сахарной свеклы и семян ярового рапса, лекарственного сырья эхинации пурпурной на площади 20400 га и получен экономический эффект 4042 руб. в расчете на гектар посева. Созданы сорта яровой пшеницы, озимой ржи, тритикале, гороха, гречихи, суданской травы, которые возделываются на площади около 1 млн. га площади.