Родился 30 октября 1958 г. в п. Шакша Уфимского района.

В 1984 году окончил Башкирский государственный университет. С 1980 г. работает в Институте геологии: с 1994 г. старший научный сотрудник, с 2008 г. по настоящее время заведующий лабораторией магматизма и метаморфизма, с 2012 г. заместитель директора по научной работе и главный научный сотрудник; одновременно в 2002–2012 гг. преподаватель УГАЭС, с 2008 г. – БГПУ, в 2012–2013 гг.  – БГУ.

В настоящее время Ковалев С.Г. является врио директора Института геологии  УНЦ РАН.

Автор более 280 научных трудов, в том числе 13 монографий и 5 учебников. Индекс Хирша в системе РИНЦ 20.

• Ковалев С . Г., Пучков В. Н., Ковалев С. С., Высоцкий С. И. Редкие Th–Sc-минералы в пикритах Южного Урала и их генетическое значение // Доклады Академии наук. 2019. Т. 484, № 6. С. 67–70.
• Ковалев С.Г., Ковалев С.С., Высоцкий С.И., Пучков В.Н. Находки "древних" цирконов в магматических породах Шатакского комплекса (Южный Урал) и их петрогенетические следствия // Доклады Академии наук. 2018. Т. 482, № 5. С. 553-557.
• Маслов А.В., Ковалев С.Г., Пучков В.Н., Сергеева Н.Д. Аршинская серия рифея Южного Урала: к вопросу о геодинамической природе породных ассоциаций // Доклады Академии наук. 2018. Т. 480, №1. С.64-68.
  
• Ковалев С.Г., Сначев В.И., Романовская М.А.Геохимическая специализация терригенных отложений Башкирского мегантиклинория // Вестник Московского университета. 2017. Серия 4: Геология. № 3.  С. 41-49.
• Ковалев С.Г., Высоцкий С.И., Пучков В.Н.Первые находки парагенетической Th-РЗЭ-минерализации в докембрийских породах Шатакского комплекса (Южный Урал) // Доклады Академии наук. 2017. Т. 476, № 5. С. 547-552.
• Ковалев С.Г., Ковалев С.С., Высоцкий С.И. Торий-редкоземельная минерализация в докембрийских породах Башкирского мегантиклинория: видовое разнообразие и генезис // Записки РМО. 2017. Т. 146, № 5.  С. 59-80.
• Ковалев С. Г., Пучков В. Н., Высоцкий С. И., Ковалев С. С. Условия образования магматических пород при плюмовом процессе (на примере западного склона Южного Урала) // Доклады Академии наук. 2017. Т. 475, № 2. С. 171–175.
• Маслов А. В., Ковалев С. Г., Гареев Э. З. Низкоуглеродистые глинистые сланцы рифея Южного Урала в контексте формирования крупных магматических провинций  // Геохимия, 2017. № 7. С. 594–608
• Ковалев С. Г., Пучков В. Н., Высоцкий С. И., Ковалев С. С. Условия образования магматических пород при плюмовом процессе (на примере западного склона Южного Урала) // Доклады Академии наук. 2017. Т. 475, № 2. С. 171–175.
• Маслов А. В., Ковалев С. Г., Гареев Э. З. Низкоуглеродистые глинистые сланцы рифея Южного Урала в контексте формирования крупных магматических провинций  // Геохимия, 2017. № 7. С. 594–608
• Маслов А.В., Ковалев С.Г. Низкоуглеродистые глинистые сланцы эталонного разреза рифея, плюмовые события и распад суперконтинентов: к анализу взаимосвязей // Доклады Академии наук. 2017. Т. 473. № 5. С. 580-584.
• Ковалев С.Г., Тимофеева Е.А. Геохимия эклогитов белорецкого комплекса (Южный Урал) и генетическая природа их протолитов // Литосфера. 2017. № 2. С. 27-48.
• Ковалев С.Г., Салихов Д.Н., Пучков В.Н. Полезные ископаемые Республики Башкортостан (металлы) // Уфа: Альфа-реклама. 2016. 554 с.
• Ковалев С.Г., Пучков В.Н., Высоцкий С.И., Ковалев С.С. Первые данные о содержании и распределении благородных металлов в рифейских магматических комплексах Башкирского мегантиклинория и восточной окраины Восточно-Европейской платформы // Доклады Академии наук. 2016. Т. 471. № 4. С. 459-464.
• Ковалев С.Г., Маслов А.В., Гареев Э.З. Благороднометальная специализация терригенных пород нижнего и среднего рифея Южного Урала // Литология и полезные ископаемые. 2016. № 6. С. 530-546.
• Ковалёв С.Г., Высоцкий С.И., Высоцкий И.В. Ресурсный потенциал докембрийских конгломератов Шатакского комплекса, Южный Урал // Руды и металлы. 2016. № 4. С. 5-21.
• Ковалев С.С., Шарипова А.А., Ковалев С.Г., Мичурин С.В. Минералогия черносланцевых отложений Улуелгинско-Кудашмановской зоны (Башкирский мегантиклинорий) // Вестник Академии наук Республики Башкортостан. 2016. Т. 21. № 2 (82). С. 53-64.
• Ковалев С.Г., Тимофеева Е.А., Пиндюрина Е.О. Геохимия эклогитов максютовского комплекса (Южный Урал) и генетическая природа их протолитов // Геохимия. 2015. № 4. С. 299-327.
• Ковалев С.Г., Пучков В.Н., Салихов Д.Н. Новые данные о платиноносности колчеданных месторождений Южного Урала // Доклады Академии наук. 2015. Т. 464. № 2. С. 188.
• Kovalev S.G., Timofeeva E.A. Thermodynamic conditions of formation and geodynamic reconstruction for the eclogites of  beloretsk complex (South Ural) // Вестник института геологии Коми научного центра Уральского отделения РАН. 2015. № 9 (249). С. 3-10.
• Ковалев С.Г., Ковалев С.С. Благороднометальный ресурсный потенциал терригенных отложений Башкирского мегантиклинория // Вестник Академии наук Республики Башкортостан. 2015. Т. 20. № 1 (77). С. 33-41.
• Ковалев С.Г., Высоцкий С.И., Ковалев С.С. Благородные металлы в магматических комплексах Башкирского мегантиклинория и восточной окраины Восточно-Европейской платформы // Известия Уфимского научного центра РАН. 2015. № 3. С. 90-98.
• Ковалев С.Г., Пучков В.Н., Ковалев С.С. Первые находки зигенита (CоNi2S4) в пикритовых и пикродолеритовых комплексах Южного Урала // Доклады Академии наук. 2014. Т. 457. № 3. С. 308.
• Ковалев С.Г., Пучков В.Н., Высоцкий С.И., Котляров В.А. Первые результаты изучения химического состава и морфологии золота месторождения Туба-Каин (Южный Урал) // Доклады Академии наук. 2014. Т. 457. № 5. С. 559.
• Ковалев С.Г., Гареев Э.З., Маслов А.В. Первые данные о благороднометалльной специализации терригенных пород нижнего и среднего рифея Южного Урала // Известия высших учебных заведений. Геология и разведка. 2014. № 4. С. 33-37.
• Ковалев С.Г., Ковалев С.С., Пиндюрина Е.О., Котляров В.А. Сульфидная минерализация пикритовых и пикродолеритовых комплексов Южного Урала // Записки Российского минералогического общества. 2014. Т. 143. № 5. С. 74-84.
• Ковалев С.Г., Пиндюрина Е.О., Тимофеева Е.А. Эклогиты максютовского комплекса: геохимия и генезис // Вестник Академии наук Республики Башкортостан. 2014. Т. 19. № 3. С. 29-42.
• Маслов А.В., Ковалев С.Г. Благороднометалльная специализация терриген ных пород нижнего и среднего рифея Башкирского антиклинория (Южный Урал) // Геология и минерально-сырьевые ресурсы Сибири. 2014. № 3с-2. С. 14-17.  
• Ковалев С.С., Ковалев С.Г. Ресурсный потенциал углеродистых отложений Башкирского мегантиклинория // Известия Уфимского научного центра РАН. 2014. № 4. С. 112-120.  
• Ковалев С.Г., Тимофеева Е.А. Первые данные по геохимии и изотопии углерода графитовых эклогитов максютовского комплекса (Южный Урал) // Вестник института геологии Коми научного центра Уральского отделения РАН. 2013. № 3 (219). С. 8-11.  
• Ковалев С.Г., Высоцкий И.В., Мичурин С.В., Ковалев С.С. Геология, минералогия и металлогеническая специализация углеродсодержащих толщ Улуелгинско-Кудашмановской зоны (западный склон Южного Урала) // Литосфера. 2013. № 3. С. 67-88.  
• Ковалев С.Г. Благороднометальное оруденение в докембрийских конгломератах западного склона Южного Урала // Георесурсы. 2012. № 8 (50). С. 28-33.  
• Носова А.А., Сазонова Л.В., Каргин А.В., Ларионова Ю.О., Горожанин В.М., Ковалев С.Г. Мезопротерозойская внутриплитная магматическая провинция Западного Урала: основные петрогенетические типы пород и их происхождение // Петрология. 2012. Т. 20. № 4. С. 392.