Учеными, представленными в Научном совете в последние годы выполнены фундаментальные исследования по мониторингу стойких органических загрязнителей, в том числе диоксинов, на территории республики, предложена технология рекультивации загрязненных нефтью и тяжелыми металлами земель, проведены геоэкологические и геоботанические исследования. Разработаны технологии и установки по очистке загрязненных стоков от тяжелых и цветных металлов. Проведены исследования по влиянию антропогенных факторов на здоровье населения и предложены методы реабилитации.

В частности, выполнены такие крупные НИР и проекты, как: оценка воздействия на окружающую среду деятельности ОАО «Салаватнефтеоргсинтез», ОАО «Сода», ОАО «Каустик», проекты нормативов образования и лимиты размещения отходов и нормативы допустимых сбросов сточных вод для ОАО «Башнефть» и «Минудобрения», ОАО «Белзан», ОАО «Полиэф», ОАО «Гидравлика», «Уфанефтехим», ОАО «Среднеуральский медеплавильный завод», разработаны и реализованы пилотный проект МЧС РФ по оценке состояния и повышению защищенности критически важных объектов РФ, план ЛАРН РБ и паспорт безопасности РБ, автоматизированная компьютерная система прогнозирования паводковой ситуации в РБ, кадастр ООПТ РБ и кадастр редких и исчезающих видов животных в РБ, выполнены инженерно-геологические и экологические изыскания на содержание хлорорганических соединений и диоксинов в шламах, иле, грунте и грунтовых водах на территории ОАО «Уфахимпром» и близлежащей территории, разработан «Атлас природных и техногенных опасностей РБ», дан прогноз развития экологической ситуации в Республике Башкортостан до 2015 года.

Опубликованы в центральных издательствах десятки монографий и учебников по проблемам экологии и рационального природопользования, сотни статей в российских и зарубежных издательствах, подготовлены более 50 кандидатов наук и свыше 10 докторов наук.