Родился 23.07.1947, д. Богданово Миякинского района БАССР.

Там же окончил среднюю школу. В 1965 году поступил на химический факультет Башгосуниверситета и  окончил его в 1970 г. В Институте органической химии УНЦ РАН работает с 1972 г.

Степень кандидата наук присуждена 1977 г., доктора наук - в 1988 г.

Кандидатская диссертация “Синтез и исследование некоторых пи-комплексов переходных металлов с кремнийсодержащими лигандами” защищена им в 1977 г.; докторская диссертация “Синтез и исследование модифицированных эйкозаноидов” защищена в 1987 г. (МИТХТ, Москва).

В 1992 г. М.С. Мифтахов с коллегами за работу "Полный синтез эйкозаноидов. Разработка высокоэффективных простагландиновых препаратов" удостоен Госпремии РФ в области науки и техники; награжден Почетной грамотой Российской академии наук, лауреат Премии 2003 года «Международной академической издательской компании «Наука/Интерпериодика» за лучшую публикацию в издаваемых ею журналах.

Заслуженный деятель науки РБ (1994 г.) и РФ (2007 г.).

• Книга: Простагландины и их аналоги в репродукции животных и человека. Уфа. 1989. Соавторы: Толстиков Г.А., Лазарева Д.Н., Помойнецкий В.Д., Сидоров Н.Н.
• Простаноиды LXI. Энантиодивергентный синтез (+)- и (-)-9,11-дидезокси-9,11-этаноаналогов 15-простагландинэндопероксида и их С диастереомеров. Ж. орг. химии, 1993, т.29, вып.6, с.1122-1137. Соавторы: Валеев Ф.А., Гайсина И.Н., Шитикова О.В., Султанмуратова В.Р., Толстиков Г.А.
• Простаноиды LXVI. A priori постулированные "9-LO простаноиды". Ж. орг. химии, 1997, Т.33, вып. 1, с.58-64. Соавторы: Имаева Л.Р., Фатыхов А.А., Ахметвалеев Р.Р.
• Новые би- и трициклические хиральные блоки для таксола из камфоры. Ж. орг. химии, 1999, т.35, вып. 7, с. 1020-1024. Соавторы: Гайсина И.Н., Тихонов О.В., Селезнева Н.К., Абутков А.В., Фатыхов А.А., Спирихин Л.В.
• Обзорная статья: Морские простаноиды. Успехи химии, 1994, т.63, вып. 6, с. 543-555. Соавторы: Толстиков Г.А., Акбутина Ф.А., Адлер М.Э.
• Обзорная статья: Новые хлорированные циклопентеноны из гексахлорциклопентадиена: получение, химические свойства и использование в направленном синтезе. Известия Академии наук, Серия химическая, 2001, №9, 1417. Соавторы: Ахметвалеев Р.Р., Акбутина Ф.А., Иванова Н.А.
• Simple synthetic protocol for the preparation of enantiomeric 3-oxabicyclo[3.3.0]oct-6-en-2-ones // Tetrahedron Assymetry, 2008, V.19, N.9, P. 1094-1099. Соавторы: Gimazetdinov A.M., Vostrikov N.S.
• Synthesis of (4S,5S)-4,5-O-isopropylidenecyclopent-2-ene-10-one via the intramolecular Reformatsky reaction. Tetrahedron Letters, 2008, V.49, № 43, P. 6179-6181. Соавторы: Ivanova N.A., Valiullina Z.R., Akhmetdinova N.P.
• Необычное снятие этиленкетальной защиты 2,3-дихлор-4,4-этилендиоксициклопент-2-ен-1-она в щелочных условиях. Простой синтез аналогов природных циклопентендионов. Изв. РАН Сер. хим., 2009, № 4, с. 821-825. Соавторы: Гималова Ф.А, Егоров В.А., Иванова Н.А., Фатыхов А.А.

Научное направление: направленный синтез низкомолекулярных биорегуляторов.

Разработал эффективные синтетические подходы к эйкозаноидам; предложил оригинальные синтетические методы и реакции; выявил новые типы биоактивных соединений; создал лекарственные средства. На основе его исследований впервые в стране освоено многостадийное производство отечественных простагландиновых препаратов ("Эстуфалан", "Клатрапростин"), применяемых в сельском хозяйстве РФ, Казахстана.

Среди его учеников 4 доктора и более 20 кандидатов наук.

Автор более 320 научных работ, в т.ч. 25 авторских свидетельств.