• Подготовка многотомной "Истории башкирского народа";
  
• исследование археологического памятника "Городище Уфа-II";
  
• изучение современных этнических и языковых процессов в Башкортостане;
  
• исследование человека, его культуры, поведения в условиях моноэтничной и полиэтничной среды;
  
• разработка компьютерных стандартов для использования башкирского языка в современных информационных технологиях;
  
• подготовка многоязычных и терминологических словарей.
  

Академики-секретари: З.Г.Ураксин (с января 1991 г. – по май 1996 г.), Галяутдинов И.Г. (с июня 1996 г. – по июнь 2006 г.), Мажитов Н.А. (с июня 2006 г. – по настоящее время).

В 2008 году проведено:

• III Международный симпозиум "Исламская цивилизация в Волго-Уральском регионе (14-16 октября);
  
• V Межрегиональная научно-практическая конференция "Городские башкиры: прошлое, настоящее и будущее" (9 апреля);
  
• Всероссийская научно-практическая конференция "Теория и практика башкирского языка и литературы в свете современных достижений филологических наук" (16-17 октября);
  
• III Всероссийская научная конференция, посвященная 110-летию Н.К. Дмитриева "Урал-Алтай: через века в будущее" (27-28 июня);
  
• Межрегиональная научно-практическая конференция "Археография Южного Урала" (28 октября).
  

На 2009 год планируется проведение:

• Международной научно-практической конференции "Этнос. Общество. Цивилизация: Вторые Кузеевские чтения" (апрель);
  
• Всероссийской научной конференции "Россия и мусульманский мир", посвященная 150-летию со дня рождения Р.Ф. Фахретдинова" (апрель);
  
• Межрегиональной научно-практической конференции "Современное башкирское общество: политико-правовые, историко-культурные и социально-экономические аспекты" (март-апрель).
  

Постановлением Президиума АН РБ № 9/3.1 от 9.09.08 журнал "Ядкяр" перерегистрирован под названием "Проблемы востоковедения", с сохранением основных особенностей прежнего журнала – гуманитарное направление, двуязычность и рубрик:

• "Философия. Социология. Экономика";
  
• "История. Этнография. Археология";
  
• "Литература. Искусство. Фольклор",
  
• "Языкознание", "Документы и факты",
  
• "Критика и библиография",
  
• "Хроника".

• Научный совет по литературоведению
• Научный совет по истории, археологии и этнографии
• Научный совет по педагогике и психологии
• Научный совет по фольклористике
• Научный совет по языкознанию
• Научный совет по культуре и искусству

• ГНУ Институт Гуманитарных Исследований
• ГУ Научное издательство «Башкирская энциклопедия»