• Подготовка многотомной "Истории башкирского народа";
  
• исследование археологического памятника "Городище Уфа-II";
  
• изучение современных этнических и языковых процессов в Башкортостане;
  
• исследование человека, его культуры, поведения в условиях моноэтничной и полиэтничной среды;
  
• разработка компьютерных стандартов для использования башкирского языка в современных информационных технологиях;
  
• подготовка многоязычных и терминологических словарей.

• Реализация Постановления Правительства Республики Башкортостан от 24 августа 2006 года № 242 «О государственной программе «Городище Уфа-II» на 2006-2011 годы» в 2008-2010 гг.
• Реализация Постановления Правительства РБ от 28 декабря 2007 года № 382 «О государственной программе «Башкиры Российской Федерации» на 2008-2017 годы» в 2010 гг. и в I квартале 2011 г.
  
• Реализация «Государственной программы сохранения, изучения и развития языков народов Республики Башкортостан на 2006-2010 гг.»
  

Академики-секретари: З.Г.Ураксин (с января 1991 г. – по май 1996 г.), И.Г. Галяутдинов  (с июня 1996 г. – по июнь 2006 г.), Н.А. Мажитов (с июня 2006 г. – по настоящее время).

В 2008 году проведено:

• III Международный симпозиум "Исламская цивилизация в Волго-Уральском регионе (14-16 октября);
  
• V Межрегиональная научно-практическая конференция "Городские башкиры: прошлое, настоящее и будущее" (9 апреля);
  
• Всероссийская научно-практическая конференция "Теория и практика башкирского языка и литературы в свете современных достижений филологических наук" (16-17 октября);
  
• III Всероссийская научная конференция, посвященная 110-летию Н.К. Дмитриева "Урал-Алтай: через века в будущее" (27-28 июня);
  
• Межрегиональная научно-практическая конференция "Археография Южного Урала" (28 октября).
  

В 2009 году проведено:

Ученые Отделения социальных и гуманитарных наук АН РБ работали над выполнением ГНТП РБ «Башкортостан в XXI веке: социально-экономическая, политико-правовая и гуманитарная модель развития».

Ученые сектора гуманитарных наук участвовали в 3 подпрограммах:

• «История и этапы формирования многонационального населения Республики Башкортостан» (8 тем),
• «Исследования национальных  языков и культур  народов Республики Башкортостан» (11 тем),
• «Современный Башкортостан: тенденции этнокультурного развития» (7 тем).

Исследователями данной госпрограммы проведены следующие конференции:

• Международная научно-практическая конференция «Филологическое образование: история, современность, перспективы» (26–27 ноября);
• Международная научно-практическая конференция, посвященная 15-летию кафедры башкирского языка и 75-летию со дня рождения доктора филологических наук, профессора Р.Х. Халиковой (24 апреля);
• Региональная научно-практическая конференция «Вопросы филологии и методики обучения языкам в вузе и школе», посвященная 75-летию проф. А.М. Азнабаева (22 мая);
• Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Актуальные проблемы изучения, возрождения и развития традиционной культуры тюркоязычных, восточнославянских и финно-угорских народов» (5–6 июня);
• Республиканская научно-практическая конференция «Диалог культур народов Башкортостана: политико-правовые, исторические и социокультурные аспекты» (29 мая);
• Республиканский методологический семинар «Актуальные проблемы башкирского теоретического языкознания» (20 мая);
• Межрегиональная научная конференция «Башкортостан: история и современность» (24 апреля);
• Всероссийская научно-практическая конференция «Феномен Евразийства в материальной и духовной культуре, этнологии и антропологии башкирского народа» (27-29 мая 2009 г.).

В 2010 году проведено:

• Международная научно-практическая конференция «История и культура народов Евразии: прошлое, настоящее, будущее»,  посвященная 120-летию со дня рождения видного ученого-тюрколога и общественного деятеля Ахмет-Заки Валиди Тогана, проводимой в рамках «дней науки и культуры Республики Башкортостан».  Конференция состоялась 21 мая 2010 г. в г. Стамбул).
• IV Международный симпозиум «Исламская цивилизация в Волго-Уральском регионе». (Уфа, БашГУ, 21-22 октября 2010 г.).

• Международная научно-практической конференция «Башкиры в составе Российской Федерации: история, современность, перспективы» (Уфа, БГУ, 20 апреля 2010 г.).

  Международная научная конференция «Урал-батыр и духовное наследие народов мира», посвященная 100-летию записи эпоса «Урал-батыр» (Уфа, 2010 г.).

  Круглый стол «Город Башкорт (средневековая Уфа) как культурный и политический центр исторического Башкортостана» (Уфа, БГПУ, АН РБ, 13 октября 2010 г.).

  Научная конференция с международным участием «XVIII Уральское археологическое совещание: культурные области, археологические культуры, хронология» (Уфа, БГПУ, АН РБ, БГУ, 12-14 октября 2010 г.).

  Международная научно-практическая конференция, посвященная 120-летию Карима Хакимова: «Россия и исламский мир: история и перспективы цивилизационного взаимодействия» (Уфа, БГУ, АН РБ, ИВ РАН, 24-26 марта 2010 г.).

  Республиканская научно-практическая конференция «Культура мира на современном этапе» (Уфа, 28 апреля 2011, ИГИ АНРБ, АН РБ, Комитет РБ по делам ЮНеско)

Постановлением Президиума АН РБ № 9/3.1 от 9.09.08 журнал "Ядкяр" перерегистрирован под названием "Проблемы востоковедения", с сохранением основных особенностей прежнего журнала – гуманитарное направление, двуязычность и рубрик:

• "Философия. Социология. Экономика";
  
• "История. Этнография. Археология";
  
• "Литература. Искусство. Фольклор",
  
• "Языкознание", "Документы и факты",
  
• "Критика и библиография",
  
• "Хроника".

• Научный совет по литературоведению
• Научный совет по истории, археологии и этнографии
• Научный совет по педагогике и психологии
• Научный совет по фольклористике
• Научный совет по языкознанию
• Научный совет по культуре и искусству

• ГНУ «Институт гуманитарных исследований»
• ГУ Научное издательство «Башкирская энциклопедия»