Родился в 1966 году в г. Уфе.

В 1983 году окончил среднюю школу № 21, в 1988 году с отличием - Башгосуниверситет. С 1990 по 1992 год обучался в аспирантуре Московского государственного университета. С 1993 года по 1998 год ассистент, старший преподаватель, доцент кафедры Отечественной истории. В 1998 году переведен на должность доцента кафедры историографии и источниковедения, где читает курс источниковедения отечественной культуры, истории культуры и палеографии.

В сферу научных интересов Б.А. Азнабаева входит исследование служилого населения России. Он опубликовал более 46 научных работ.

В 2006 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Интеграция Башкирии в административную структуру Российского государства (сер. XVI – первая треть XVIII в.) в докторском совете Московского государственного университета.

В 2007г. избран профессором кафедры.

Среди наиболее значительных работ Азнабаева Б.А.:

• Уфимское дворянство в конце XVI - первой трети XVIII в. Уфа, 1999.
• Степень родовитости уфимских дворян. //Вестник Башкирского университета, 1996 , № 2.
• Социальная структура служилого населения Уфы в конце XVII в. //Страницы минувшего. Уфа, 1996.
• Интеграция Башкирии в административную структуру Российского государства (сер. XVI – первая треть XVIII в.).