Окончил  Башкирский государственный медицинский университет (1994).  В 2003 г. защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата медицинских наук (специальность – 14.00.24 Судебная медицина) на тему «Динамика посмертной температуры в зависимости от характера патогенеза для определения давности смерти» (Ижевская государственная медицинская академия), в декабрь 2013 г. – диссертацию на соискание ученой степени доктора медицинских наук (по специальностям 14.01.17 Хирургия и 14.03.05 Судебная медицина) на тему «Диагностика и значение давности  механической травмы в клинике и судебной медицине на примере травм печени, гематом селезенки и кровоподтеков кожи» (БГМУ).

Профессор РАЕ (2013), член-корреспондент РАЕ (2015), академик РАЕ (2017 г.).

Врач–судебно-медицинский эксперт отдела экспертизы трупов Судебно-медицинской экспертизы Министерства здравоохранения РБ (2002). С сентября 2002 г. работает в Башкирском  государственном медицинском университете: ассистентом кафедры судебной медицины (2002–2003),  ассистентом кафедры гистологии (2004–2005), доцентом кафедры гистологии (2005–2012), с 2010 по настоящее время – заведующий кафедрой судебной медицины.

  Заместитель начальника Республиканского бюро судебно-медицинской экспертизы (2011–2014), эксперт отдела комплексных (особо сложных) экспертиз (2015–2016),   заведующий отделом комплексных (особо сложных) экспертиз ((2017–2021), член Общественного совета при МВД по РБ  (2010–2014),  заместитель Председателя Общественного совета при МВД по РБ (2014–2015), председатель Общественного совета при МВД по РБ (2015–2021), председатель Общественного совета регионального партийного проекта «Трезвый Башкортостан» политической партии «Единая Россия» (с сентября 2020 года), президент «Ассоциации судебно-медицинских экспертов» (с 2023 года), член Союза медицинского сообщества «Национальная Медицинская Палата» (с 2024 года),  член Национального Совета при Президенте РФ по профессиональным квалификациям в здравоохранении (с 2024 года),  главный редактор журнала «Судебная медицина» (индексируется в международной базе SCOPUS) (с 2024 года).

Награжден почетной грамотой Профсоюза работников здравоохранения РФ (2016), почетной грамотой МВД РБ (2012, 2015, 2017, 2018), благодарностью руководителя Аппарата Государственной Думы (Москва, 2015).

Судебно-медицинские аспекты посмертной термодинамики /А.А. Халиков, А.Ю. Вавилов, О.В. Щепочкин. – Ижевск: Экспертиза; Уфа: [б.и.], 2004 (Ижевск: РИС Ижев. гос. мед. акад.). – 100 с.

Некоторые аспекты диагностики давности смерти в позднем посмертном периоде / Онянов А.М., Халиков А.А.; Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию Российской Федерации, ГОУ ВПО «Ижевская гос. мед. акад.», ГУОЗТ «Пермское обл. бюро судебно-мед. Экспертизы», ГОУ ВПО «Башкирский гос. мед. ун-т». – Ижевск [и др.] : Ижевская гос. мед. акад. [и др.], 2008. – 91 с.

Халиков А.А. Судебная медицина в Республике Башкортостан: Монография (к 85-летию со дня основания кафедры судебной медицины Башкирского государственного медицинского университета) / А. А. Халиков, А. В. Орловская, О. Р. Султанов. – Уфа : Башкирский государственный медицинский университет, 2022. – 108 с. – EDN XKYMFB.

Витер В.И., Халиков А.А. Судебная медицина в лекциях. Издание второе. Ижевск – Уфа, 2007. – 343 с. ISBN 5-928-0034-9

Судебно-медицинская экспертиза механической травмы твердыми тупыми предметами: уч. пособие /А.А.Халиков, А.Ю.Вавилов, А.В.Орловская, Р.Б.Чернова. – Уфа: Изд-во ГБОУ ВПО БГМУ Минздрава России, 2014.-83 с.

Малотравматичные технологии в патологоанатомической практике / Т.И. Мустафин, А.А. Халиков, Р.Р. Хасанов [и др.]. – Москва: Медицинская книга, 2014. – 112 с. – ISBN 978-5-86093-349-1. – EDN XBYFRH.

Область научных интересов: давность образования и прижизненность повреждений, давность наступления смерти, использование биофизических методов исследования в судебно-медицинской практике, медицинское право, ответственность медицинских работников, ненадлежащее оказание медицинской помощи.

Является автором более 138 научных трудов, в том числе 14 монографий, 13 учебно-методических пособий, 8 патентов.  

Подготовка специалистов высшей квалификации:
Под руководством Халикова А.А. защищены 5 диссертационных работ на соискание ученой степени кандидата медицинских наук.