С 1995 по 1998 год, будучи министром народного образования Республики Башкортостан, Ф.Г. Хисамитдинова тщательно проанализировала финансово-экономическую, материально-техническую, учебно-методическую, нормативно-правовую, организационно-управленческую, кадровую, содержательную стороны образования республики. Анализ состояния образования республики, изучение опыта российских регионов и зарубежных стран позволили Ф.Г.Хисамитдиновой разработать проект Концепции и Программы развития образования Республики Башкортостан на 1999-2003 гг.. который был изложен в многочисленных публикациях второй половины 90-х годов XX в. Среди них особо выделяются ее обобщающая книга «О выполнении «Программы развития Республики Башкортостан на 1993-1998 гг.» и задачах образования на 1999-2003 гг. («Проект Концепции» (Уфа. 1998) и проект Президентской Программы «Дети Республики Башкортостан», разработанный в 1997-1998 гг. и принятый в 1999 г.
Из практических дел Ф.Г.Хисамитдиновой на посту министра народного образования следует отметить открытие иностранных отделений в Сибайском, Белорецком, Месягутовском и Уфимском №1 педколледжах, содействие открытию инфака в Сибайском институте БГУ. заочного отделения на инфаке БГПИ. Следует отметить, что именно в годы работы Ф.Г. Хисамитдиновой министром были открыты следующие республиканские башкирские лицеи и гимназии интернатного типа: Республиканский экономический лицей-интернат, его женский филиал (Уфа), Республиканский политехнический лицей-интернат (Кумертау), Республиканский кадетский лицей-интернат (Ишимбай), Башкирская гимназия-интернат (Красноусольск), Восточный лицей (Сибай). Республиканский лицей-интернат (Месягутово). Открытие гимназий и лицеев интернатного типа позволило одаренным детям из сельских районов получить хорошее образование и поступить в вузы не только республики, но и Москвы, Санкт-Петербурга, Самары и других городов России.
Кроме республиканских лицеев и гимназий, в 1995-1998 гг. были открыты муниципальные башкирские гимназии №140, 144 (Уфа), гимназии городов Стерлитамак, Салават, Мелеуз, Белорецк, Белебей, Учалы; сельских населенных пунктов Мраково, Раевский и Малояз. Открытие башкирских гимназий в городах и районных центрах способствовало развитию национального образования в РБ, расширению контингента детей, владеющих родным языком.
Работая заместителем директора Института истории, языка и литературы УНЦ РАН, Ф.Г. Хисамитдинова активно включилась в научно-исследовательскую, научно-организационную и научно-педагогическую деятельность Института. Только в последние 5 лет ей подготовлено и издано более 60 работ, в том числе около 20 книг. Всего же она является автором около 200 научных и научно-методических трудов, увидевших свет не только в России, но и во многих странах мира. Наиболее значимыми среди них являются совместная с венгерским ученым Й.Тормой монография «Говорю огню», изданная в Будапеште на венгерском языке; перевод «Евангелии от Луки» на башкирский язык, изданная в Стокгольме.
Профессор Ф.Г. Хисамитдинова является руководителем и исполнителем ряда международных научных проектов. Среди них следует отметить 2 проекта ИНТАС (Бельгия) по разработке учебника башкирского языка для иностранцев и изучению ислама в России, а также проекта Международного института по переводу Библии (Стокгольм).
Международные научные контакты Ф.Г. Хисамитдиновой не ограничиваются публикацией работ, участием в грантовых проектах, она является участницей более 30 международных форумов. В частности, она является постоянным участником алтаистической конференции ПИАК, Международного конгресса тюркологов и т.д.
В 1994-1999 гг. Ф. Г. Хисамитдинова являлась депутатом первого созыва Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан и принимала участие в разработке и принятии законов РБ об образовании, культуре, средствах массовой информации, молодежной и семейной политике.
В общественной деятельности Ф. Г. Хисамитдиновой необходимо отметить ее работу на посту председателей Союза женщин Республики Башкортостан (1996-1998 гг.), Общества башкирских женщин Республики Башкортостан (2000-2003гг.), женской комиссии Исполкома Всемирного курултая башкир (с 2000 г.). Именно в эти годы были заложены основы семейной политики республики. Проводимые во второй половине 90-х годов XX в. совместно с Министерством народного образования РБ научно-практические конференции «Роль матери в воспитании, образовании и социализации детей» (Уфа, 1996), «Семья и духовное возрождение общества» (Уфа, 1997), «Семья, школа в воспитании гражданина нового Башкортостана» (Уфа, 1998) обратили внимание общественности, самой семьи, руководства республики, районов и городов к проблемам семьи, детства, материнства и отцовства.
Как активная участница женского движения России профессор Ф.Г.Хисамитдинова в составе делегаций российских женщин принимала участие в работе Международного форума женщин мира (Куба - Гавана. 1998), I и II Курултая женщин Тюркского мира (Турция - Анкара, 2001, 2003), Международной конференции женщин Азербайджана (Азербайджан - Бакы, 2002).
Ф. Г. Хисамитдинова является делегатом I и II Всемирных курултаев башкир (1995, 2002). Являясь членом Исполкома ВКБ, она принимает активное участие в курултайском движении башкир.