Родился 23 мая 1957 года в г. Миассе Челябинской области.

В 1979 году закончил кафедру геоботаники и почвоведения Саратовского государственного университета.

В 1979-1980 гг. работал в Министерстве лесного хозяйства БАССР, с 1980 г. работает в Институте биологии Уфимского научного центра РАН.

Заведующий лабораторией лесоведения Института биологии Уфимского научного центра РАН.

Защитил кандидатскую диссертацию по биологическим наукам (1983 г.) на тему "Биологические особенности некоторых видов ив в техногенных местообитаниях Предуралья и Южного Урала".

Защитил докторскую диссертацию по специальности «Ботаника» и «Экология» (1994 г.) на тему "Эколого-биологические особенности ивовых в связи с техногенезом и оптимизацией техногенных ландшафтов (на примере рода Salix L.)".

Кулагин А. Ю. является высококвалифицированным специалистом в области лесоведения, индустриальной дендроэкологии, адаптации растений в экстремальных условиях произрастания.

Автор и соавтор более 200 научных работ, результаты его исследований опубликованы в различных отечественных и зарубежных изданиях, в журналах "Экология", "Лесоведение", "Ботаническом журнале", тематических сборниках ведущих научных центров и ВУЗов России и Зарубежья, в 6 монографиях и в первом в России учебнике для ВУЗов "Экологическая физиология растений" (М.: Логос, 2001. - 224 с.).

Занимается разработкой перспективных научных направлений, поддержанных Программой Президента Российской Федерации - грант № 96-15-97070 "Адаптация лесообразующих видов в техногенных условиях и проблемы лесовосстановления", грантом РФФИ № 00-04-48688 "Адаптация и структурно-функциональные особенности формирования корневых систем древесных растений в техногенных условиях", руководит работой научного коллектива, выполняющего исследования по тематике Академии наук Республики Башкортостан, по проекту "Исследование состояния лесных экосистем в техногенных ландшафтах, обоснование и разработка методов биологической консервации промышленных загрязнителей" (Программа РАН по поддержке научной молодежи. Грант № 250 6-го конкурса-экспертизы 1999 г.).

Неоднократно представлял отечественную науку на международных конгрессах и конференциях, выступал с докладами в Великобритании, Дании, Франции, Чехии.

Читает курсы лекций и специальные курсы в ведущих вузах Российской Федерации и СНГ (в Башкирском государственном университете, Башкирском государственном аграрном университете, Башкирском государственном педагогическом университете, Уфимском государственном институте сервиса).

Под его руководством подготовлено 1 докторская и 20 кандидатских диссертаций.

Педагогическая деятельность ведется в рамках работы Учебно-научного комплекса лаборатории лесоведения Института биологии УНЦ РАН (деятельность кафедры поддержана грантами Комиссии РАН по работе с молодежью «Поддержка деятельности базовых кафедр ведущих российских ВУЗов, созданных при Институтах РАН» в рамках ПЦР «Поддержка молодых ученых», 2002-2004 гг.).

Член Отделения биологических наук Академии наук Республики Башкортостан (с 1998 г.)

Председатель Научного совета «Биологические почвенные ресурсы Башкортостана, научные основы их рационального использования и воспроизводства» Отделения биологических наук Академии наук Республики Башкортостан (с 1999 г.).

Член диссертационного совета К 064.13.09 в Башкирском госуниверситете (450074, Уфа, ул.Фрунзе, 32) по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.00.05 –ботаника, 03.00.12 – физиология и биохимия растений (1997-2000 гг.).

Член диссертационного совета К 212.013.04 в Башкирском госуниверситете (450074, Уфа, ул.Фрунзе, 32) по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.00.05 –ботаника, 03.00.12 – физиология и биохимия растений (2000-2005 гг.).

Член диссертационного совета Д 002.251.01 в Институте экологии Волжского бассейна РАН (445003, Тольятти, ул.Комзина, 10) по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.16 – экология. (2000-2002 гг., 2003-2005 гг., 2005-2008 гг.).

Активно сотрудничает с Министирством Образования Республики Башкортостан.

Совместная работа с Министерством образования Республики Башкортостан: 1. Председатель жюри Республиканских слетов-конкурсов юных экологов и лесоводов (конкурс проводится совместно Министерством образования РБ и Министерством природных ресурсов РБ). 2. Председатель жюри ежегодной Республиканской экологической олимпиады для школьников 9-11 классов (г.Уфа). 3. Председатель жюри Республиканских слетов-конкурсов «Друзья заповедных островов». 4. Председатель конференций «Молодежь Башкортостана исследует окружающую среду» (2002 г., 2004 г.).

Грамота РАН к 275-летию Российской академии наук (май 1999 г.).

Соросовский доцент (Международная Соросовская программа образования в области точных наук, 1999 г. № d99-165.

Академик Международной педагогической академии (Решение Президиума МПА от 20.10.1998 г. Диплом №500).

Академик Российской академии естественных наук по отделению «Научные проблемы агропромышленного комплекса» (Решение Президиума РАЕН №25/01 НПАК от 14.12.1999 г. Диплом АПК-49).

Отличник народного образования Республики Башкортостан (Решение №361 от 05.05.1998 г.).

Почетное звание «Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан». (Указ Президента Республики Башкортостан от 29 ноября 2001 г. №УП-594. Удостоверение к Государственной награде Республики Башкортостан Б №427).

Почетное звание «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» (Решение З №203841 от 24 апреля 2008 г.).

Дендроэкология, лесоведение, ивы, адаптация и техногенез, экологическая физиология растений.

Научная работа тесно связана с изучением адаптивного потенциала древесных растений в экстремальных лесорастительных условиях и разработкой практических мероприятий по оптимизации техногенных ландшафтов с помощью лесных насаждений. Получены результаты, характеризующие особенности развития ив в условиях промышленного загрязнения и при поселении в различных экотопах (в том числе и на промышленных отвалах). Дана сравнительная эколого-биологическая характеристика видов ив, рассмотрены особенности адаптациогенеза ивовых в экстремальных лесорастительных условиях. Показана их видоспецифичность на действие промышленного загрязнения, обоснована перспективность использования Ивовых в создании санитарно-защитных насаждений при лесной рекультивации отвалов и в промышленных центрах с учетом их видовой, формовой и половой принадлежности.

Результаты исследований неоднократно попадали в отчеты АН СССР / РАН:

1. Важнейшие достижения в области естественных и общественных наук за 1981 год. Проблема «Интродукция и акклиматизация растений».
Разработаны и переданы производству: ...рекомендации по созданию ивовых плантаций кормового назначения в Башкирии (Ботанический сад Института биологии БФАН СССР). - С.99.

2. Важнейшие результаты в области естественных и общественных наук за 1990 год. Отчет Академии наук СССР (Утвержден общим собранием АН СССР 14 марта 1991 г.). М., 1991.
Общая биология. Обобщены материалы, характеризующие особенности экологии древесных растений в связи с их произрастанием в техногенных экотопах, закономерности естественного возобновления на промышленных отвалах, разработаны приемы оценки пригодности отвальных грунтов для лесной рекультивации, представлены практические рекомендации по лесовосстановлению на промышленных отвалах (ИБ БНЦ УрО АН СССР). - С.62.

3. Информационный отчет научного совета ООБ РАН по проблемам леса об основных результатах научно-исследовательской и научно-организационной работы научных учреждений Российской Федерации за 1989 - 1992 гг. М.: РАН, 1993. - 53 с.
На основе установленной зависимости между содержанием физиологически активных веществ и уровнем устойчивости растений к техногенным воздействиям разработан способ отбора ив, устойчивых к газообразным загрязнителям, получено положительное решение патентной экспертизы (ИБ Баш.НЦ УрО РАН). - С.40.

4. Важнейшие результаты в области естественных, технических, гуманитарных и общественных наук за 1995 год. Отчет Российской академии наук СССР. М., 1996. - С.85.
Проблемы леса. Изучены особенности накопления металлов различными древесными породами, оценена роль лесных насаждений в поглощении металлов в условиях Предуралья, подготовлены предложения по созданию санитарно-защитных насаждений (ИБ УНЦ РАН).

Научная работа неоднократно поддерживалась грантам различного уровня (гранты РФФИ, Президиума РАНа и др.).